نرم افزار انبار یکی پرکاربردترین زیر سیستم های نرم افزار جامع ساما سیستم می باشد . میتوان گفت که بعد از زیر سیستم حسابداری ، زیر سیستم انبار نرم افزار ساما سیستم بیشترین ارتباط را با دیگر زیر سیستم ها دارد . تمامی رویداد های مربوط به موجودی کالا و فرآیند انبار داری در این سیستم در نظر گرفته شده و برخلاف بسیاری از نرم افزار ها فرآیند ورود و خروج انبار با فرآیند خرید فروش باهم در نظر گرفته نشده است. یعنی هر ورود کالایی به انبار به منزله خرید نیست و هر خروج کالایی از انبار به منزله فروش نیست . نرم افزار انبار ساما سیستم ضمن حفظ ارتباط دو طرفه با زیر سیستم های فروش و خرید قابلیت تمایز بین انواع مختلف ورود و خروج کالا را به انباردارد و تسهیلات ویژه ای برای مدیریت انبار در نظر گرفته است . کاربران با استفاده از زیرسیستم های فروش و خرید نرم افزار ساما سیستم میتوانند اسناد ورود و خروج کالا را بدون ورود به این زیر سیستم ارسال نمایند .